Toutes les manifestations de la vie s’accomplissent dans un système complexe et souvent conflictuel, tant à l’intérieur de chacun des éléments vivants qu’entre les éléments et facteurs de leur complexité. La logique dont s’inspire la Méthode n’est pas celle du tiers exclu — « logique de mort », dit Lupasco — mais celle des antagonismes inhérents en tout devenir, toute énergie, tout être. L’œuvre de Stéphane Lupasco n’est pas sans influence sur celle d’Edgar Morin, non plus que celle de Hegel.